Im Zuge der politischen Umwälzungen in den Jahren 1989/1990 kam es zu tiefgreifenden Umgestaltungen in der Bildungslandschaft auf dem Gebiet der vormaligen DDR. Von diesen Veränderungen waren auch die Spezialschulen der DDR betroffen, die sich im Laufe der folgenden Jahre zu Gymnasien mit inhaltlichem Schwerpunkt entwickelten.
Erstmals wurde die Aufnahme von zukünftigen Siebtklässlern, statt wie vorher von Neuntklässlern durchgeführt. Auch die Aufnahmebedingungen veränderten sich, denn es war nun keine Delegierung sowie keine Empfehlung der Schule notwendig.
Weiterhin war kein Aufnahmeverfahren von der Dauer einer Woche vorgesehen, sondern es wurden Einzelgespräche über Allgemeinwissen und sprachliche Fähigkeiten durchgeführt. Zusätzlich musste experimentiert werden. Die anschließende Auswertung der Ergebnisse entschied über eine Aufnahme der SchülerInnen.
Aufgrund politischer Veränderungen kam es auch in der Schulleitung zu einer Umstrukturierung. Zum 01.09.1990 erhielt Herr Dr. Ulrich Müller die Ernennungsurkunde zum Direktor unserer Schule.
